국민권익위원회는 2020년 8월 24일에 투명사회운동본부 내부 임원들이 부패행위 신고를 이유로 임금을 삭감하고, 신고행위를 비방하는 등 A 씨에게 불이익조치를 가했다고 판단해 신분보장조치를 결정했다. 또한 투명사회운동본부 회원들에게 A 씨가 신고자임을 미루어 알 수 있는 내용을 알려주거나 국민권익위원회의 결정문을 공유한 내부 임원 4인을 「부패방지권익위법」의 신고자 비밀보장 의무 위반으로 2020년 8월과 2021년 2월에 각각 고발했다.
내부 임원 4인 중 2인은 2021년 5월에 신고자의 신분을 추정할 수 있는 발언을 한 사실을 인정하면서도 고의가 없다는 취지로 불기소처분을 받고, 나머지 2인은 2022년 9월에 벌금 2백만 원과 3백만 원형의 약식기소 처분을 받았다. 벌금형을 받은 2인은 무죄를 주장하며 정식재판을 신청했고 2023년 10월 20일에 각각 400만 원의 벌금형이 선고되었다.
한편 내부 임원 2인은 신분보장조치 결정에 불복해 국민권익위원회 결정취소 소송을 제기했지만, 2020년 11월 9일에 서울행정법원은 이들의 임기가 만료돼 소송을 제기할 자격이 없다며 각하했다.
내부 임원들은 제보자와 그를 돕는 조력자를 상대로 무분별한 고소·고발을 제기하고 있다. 제보자 A씨에게는 정보통신망법 위반과 명예훼손 등 15건 이상의 보복성 소송을 제기했고, A씨를 지원해 온 참여연대를 비롯해 제보자 지원 단체와 활동가들, 국민권익위원회 조사관 등을 대상으로도 다수의 고소·고발을 제기했다.
제보자는 대부분의 사건에서 무혐의 처분을 받았다. 다만 증거자료 수집 과정에서 「정보통신망법」을 위반했다는 혐의로에 대해서는 약식기소 되었으나, 「부패방지권익위법」의 신고자 책임 감면 규정 등이 적용되어 2023년 3월 대법원에서 선고유예가 확정되었다.
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