A 씨는 충암고등학교의 교사로 2014년부터 부실한 급식 문제해결을 위해 학교 앞에서 1인 시위를 진행하고, 꾸준히 학교 측에 개선을 요구해왔다. 또한 부실한 급식문제의 원인을 파악하고자 거래처에 대한 조사, 급식배송용역 일지 등 자료를 확보했으나 개선이 이루어지 않자 2015년 2월 서울시교육청에 직영급식을 위장한 편법 위탁운영, 배송원 인원조작, 식재료 구매부정 등 급식비리 관련 의혹을 제보했다.
서울시교육청이 2015년 5월부터 8월까지 충암중학교와 충암고등학교의 급식감사를 실시한 결과, 제보 내용이 확인되었다. 서울시교육청은 충암중학교와 고등학교가 조리실에서 각 교실로 급식을 배송하는 배송원수를 조작해 배송용역비를 횡령하고, 식자재 납품업체 직원을 학교급식 담당 직원으로 채용해 불법입찰과 부당수의 계약을 체결했으며, 식재료를 빼돌리고 종이컵, 수세미 등 소모품을 허위과다 청구하는 등 총 4억여 원을 횡령한 정황을 적발했다. 서울시교육청은 학교 측에 관련자 파면을 요구하고, 검찰에 고발했다. 하지만 검찰은 학교장과 행정실장 등의 급식비 횡령은 무혐의로 종결했다.
서울시교육청은 급식비 횡령 등 문제를 계기로 2017년 8월 충암학원 이사진 전원의 승인을 취소하고 임시이사를 파견하였으며, 이후 사학분쟁조정위원회에서 정이사 선임이 이루어져 2021년 7월 정이사 체제로 전환되었다.
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