제보 이후 류영준 씨는 제보 당시 레지던트로 근무하던 병원에서 퇴사해야 했다. 또한 황우석 지지자들에게 협박 전화와 악플 등 상상하기 어려운 비난을 수년에 걸쳐 받았다.
류영준 씨는 전공을 바꿔서 박사학위를 다시 받은 2013년에야 강원대학교 의과대학 교수가 됐고, BRIC 웹사이트를 통해 황우석 교수 논문조작 사건 등을 제보한 이가 자신임을 알렸다. 류영준 씨의 제보와 ‘PD수첩’ 제작팀의 이야기를 다룬 영화 〈제보자〉가 2014년에 개봉됐다.
류영준 씨는 2016년 말에 토론회에서 황우석-차병원-박근혜 청와대의 줄기세포 연구승인 의혹을 제기한 것으로 황우석 씨에게 2018년에 명예훼손으로 고발당했다. 2019년에 2심 재판에서 무죄를 받을 때까지 황우석 지지자들에게 또다시 괴롭힘을 당했다.
또한 2023년 6월부터 전 세계에 스트리밍된 넷플릭스 다큐멘터리 〈킹 오브 클론 : 황우석 박사의 몰락〉에서 황우석 씨는 ‘공익제보자의 첫 아이가 태어났을 때 병원에서 대부(godfather)를 요청하여 들어줬다‘고 말하며 ‘공익제보자는 그 기간 중에 제보를 위해 MBC PD와 계속 이메일을 주고받았다’고 허위사실을 주장했다. 온라인에서는 류영준 씨를 비난하는 댓글이 다시 달렸다.
다큐멘터리 제작사인 Peddling Pictures는 사실관계를 교차검증하지 않고 방송에 내보낸 점은 인정했으나 서로 다른 견해가 있음을 강조하는 것이었다며 정정요청을 거부했다.